تتحدث رواية الخيميائي عن قصة راعٍ من الرعاة الأندلسيين والذي اسمه “سانتياغو” وهو شاب صغير حلم ذات ليلة بأنَّه وجد كنزًا مدفونًا، وعاد الحلم إلى سنتياغو مرتين، وفيه رأى أنَّ الكنز مدفون في مصر عند أهرامات الجيزة، فتجاهل الشاب سانتياغو الحلم فقابل عرافة وأخبرها بما رأى في نومه، فأكدتِ العرافة لسنتياغو وجود الكنز وقابل سانتياغو أيضًا رجلًا اسمه الملك سالم وقال له إنَّه وجد أسطورته الذاتية، ودعاه هذا الرجل إلى أن يبحث عن أسطورته الذاتية حتَّى النهاية. فباع سانتياغو أغنامه كلها، وقرّر السفر باحثًا عن الكنز الذي رآه في منامه، فتوجه إلى المغرب، ولكنه لم يكن يتحدث العربية، وهناك في المغرب تعرَّض سنتياغو للاحتيال والنصب فخسر كلَّ أمواله، فلم يعد لديه أموالٌ ليعود بها إلى بلاده حتَّى، فاضطر للعمل عند بائع كريستال، فعمل عنده وبفضل ذكاء سنتياغو ازداد ربح صاحب المحل كثيرًا، واستطاع سنتياغو من عمله أن يدخر مبلغًا من المال، فتابع رحلته باحًا عن الكنز، وتابع رحلته مع قافلة من القوافل المتجهة جهة مصر وهناك رأى رجلًا إنجليزيًا يحب الخيمياء ويسعى إلى أن يصبح خيميائيًا قادرًا على تحويل المعادن الرخيصة إلى معادنٍ نفيسة. فقرر سنتياغو الذهاب مع الإنكليزي ليتعلم المزيد من أسرار الحياة، وبالفعل قابل سنتياغو الخيميائي وظلَّ معه فترة، وبسبب صراعات القبائل في الصحراء، تمَّ القبض على سنتياغو والخيميائي واتهامهما بالخيانة من قبل إحدى القبائل. وقد ساعد الخيميائي سنتياغو بالتحدث إلى الريح وطلب مساعدتها من فوق الصخرة أمام القائد، والجيوش، ورجال القبيلة، وقد أبهر سنتياغو القائد والحضور، وشجعهما القائد، وأمر بعض الجند مرافقتهما في الصحراء وتوفير لهما الأمن والحماية. وبمساعدة الجنود وصل سنتياغو إلى أهرامات مصر، وبدأ يحفر الحفرة مكان ما رأى في الحلم، ولكنَّ مجموعة من اللصوص هاجمته ولما وجدوا معه قطعة ذهبية، أجبروه على استكمال الحفر حتى يصل للكنز، ولما لم يجدوا شيئا أبرحوه ضربًا، ولكن قبل أنْ يتركوه أخبره أحدهم أنَّه حلم في يوم من الأيام بوجودٍ كنز، داخل أحد الكنائس القديمة في إسبانيا، وأنه لو كان أحمق، لسافر إلى إسبانيا للبحث عنه، وهو ذات المكان ونفس الكنيسة التي كان يرعى سنتياغو أغنامه قربها، وعرف سنتياغو ذلك المكان إنه نفس المكان الذي كان ينام فيه مع أغنامه. فعاد سنتياغو إلى إسبانيا وذهب إلى الكنيسة القديمة، وبدأ في الحفر في المكان الذي وصفه اللص، وبعد ساعة من الحفر، وجد سنتياغو صندوقًا مليئًا بالعملات الذهبية القديمة، والجواهر والأقنعة المرصعة بالجواهر، وبعد تلك الرحلة الطويلة حقق سنتياغو أسطورته الشخصية، وحققه حلمه الذي كان يطمح إليه